Skolans huvudman är Föräldrakooperativet Nils Holgerssonskolan Ekonomisk förening som är den juridiska person som har ansvar inför Skollagen och andra lagar och förordningar. Styrelsen består av åtta föräldrar där ordförande har det sammankallande ansvaret. Det högsta beslutande organet är den årliga stämman, där alla medlemmar har rösträtt. Styrelsemöten sker en gång i månaden där rektor och biträdande rektor är föredragande och tre personalrepresentanter är adjungerande.

Den nuvarande styrelsen består av:

Henric Appelkvist, Ordförande

Carina Eriksson, kassör

Henrik Malmqvist

Christian Esbjörnsson

Anse Eldh

Lars Persson

Jutta Balldin

Tong Ostanont