Skolans huvudman är Föräldrakooperativet Nils Holgerssonskolan Ekonomisk förening som är den juridiska person som har ansvar inför Skollagen och andra lagar och förordningar. Styrelsen består av åtta föräldrar där ordförande har det sammankallande ansvaret. Det högsta beslutande organet är den årliga stämman, där alla medlemmar har rösträtt. Styrelsemöten sker en gång i månaden där rektor är föredragande och två personalrepresentanter är adjungerande.

Den nuvarande styrelsen (2015-10-27) består av:

Henric Appelkvist, Ordförande
Carina Eriksson, kassör
Henrik Malmqvist
Christian Esbjörnsson
Anse Eldh
Lars Persson
Jutta Balldin